Inhibitory pompy protonowej mogą być stosowane długotrwałe pod ścisłym nadzorem lekarza, jednak w takiej sytuacji powinno wykonywać się co jakiś czas zlecone przez lekarza badania diagnostyczne, np. poziom witaminy B12 czy magnezu.

Sugeruje się, że długotrwałe stosowanie inhibitorów pompy protonowej zwiększa o 10–20% (w porównaniu z populacją ogólną) ryzyko ostrego śródmiąższowego zapalenia nerek i przewlekłej niewydolności nerek, dlatego warto okresowo sprawdzać stężenie kreatyniny w surowicy bądź GFR.

Warto wykonać także gastroskopię celem oceny postępów w terapii.