Ceny leków różnią się między poszczególnymi aptekami z wielu powodów, np. kupując różne ilości leków w hurtowniach, apteki otrzymują na nie różne rabaty - zwykle im więcej sztuk, tym większy rabat.

Nie każda apteka ma popyt na dany preparat, w związku z czym, mając na stanie tylko kilka sztuk, a nie kilkaset - może być on droższy.

Ceny leków w aptekach zależą też od marży aptecznej - każda placówka ma własną marżę, która doliczana jest do ceny zakupu leku z hurtowni.

Różna cena tego samego leku w aptece nie ma wpływu na jakość - pochodzi on z tego samego źródła.